En un país tan largo, el clima es bastante distinto entre regiones. Un extremo se ubica casi en la zona polar y el otro en la subtropical. Además hay que añadir que es un país tremendamente montañoso con una única llanura en la zona de Tokio y el resto son montañas y montañas. Otro factor muy importante a tener en cuenta es la influencia de las corrientes marinas. Principalmente las frías que vienen del norte. Mas o menos la temperatura es como la de España, con cuatro estaciones muy marcadas. En el caso de Japón, el invierno es más frío y el verano menos caluroso que el de España. Esto es importante ya que cuando yo estuve en Kioto (en el centro del país) en navidad pase mucho frío y si se va en esa época, hay que ir preparado a un ambiente muy bonito pero todo nevado y nosotros normalmente no estamos acostumbrados.

En el lado del pacífico (donde está Tokio), los veranos son calurosos y húmedos con fuertes vientos del sureste. Los inviernos son secos con muchos días despejados.
En el lado del Mar del Japón, los vientos que vienen del noroeste traen normalmente mucha nieve desde el continente asiático siendo normal entre 4 y 5 metros de altura de nieve.

Todas las áreas excepto el norte de la isla de Hokkaido que es prácticamente polar, tienen una estación lluviosa con calor y mucha humedad que empieza en Junio y llega a mediados de Julio. Entre Agosto y Octubre, la parte suroeste del Archipiélago tiene frecuentes tifones con lo que conviene evitar esas fechas si se va a Japón de turismo.

Excepto en los periodos de lluvia (Junio - Julio) la parte interior de las islas tiene poca lluvia y altas variaciones de temperatura con muchas zonas montañosas. Las zonas costeras son bastante secas y un clima moderado.

En casi todas las zonas y seguro en las zonas donde vais como turistas, las mejores estaciones para visitar Japón como turista son primavera y otoño. Por propia experiencia, es especialmente bonita la época entre Abril y Mayo debido a la floración y preciosas zonas verdes belleza de sus bonitos parques y jardines. Además si estáis el suficiente tiempo y tenéis suerte puede coincidir con la floración del cerezo. Prácticamente todas las calles de las principales ciudades y muchos lugares de Japón tienen cerezos ornamentales como árbol decorativo en sus calles. Esto hace que su floración sea un acontecimiento digno de admirar. De un día para otro todas las calles, parques y jardines aparecen engalardonadas con flores en miniatura de colores que van del blanco al rosa pálido. Y creedme, cuando digo todas no es una exageración.

Como en España, otra época en la que merece la pena la visita es entre últimos de Septiembre y mediados de Noviembre cuando la temperatura todavía es agradable y los árboles están cambiando de color.

Recordar que en la época de Tifones ( en el suroeste entre Agosto y Octubre) se producen grandes inundaciones y muchos daños por viento fuerte. En el periodo crudo del invierno, en la zona norte y noreste la gran cantidad de nieve que cae puede llegar a ser un problema incluso con muertes. Lógicamente conviene evitar estas zonas en esas épocas.En la época de lluvias aunque el tiempo es desagradable no llega a impedir al infatigable turista la visita a sus lugares preferidos.